A natúrparki térség keleti részéről ÉK-i irányban a Donáti-patak, DK-i irányban a Mucsi-Hidas-patak vezeti le a vizeket. Utóbbi jelentősebb mellékvízfolyásai a Papdi-árok vízfolyása, a Kőris-völgy vízfolyása, a Závodi-patak és a Kisvejkei-patak.

A natúrparki térség természetközeli állapotú vizes élőhelyei gazdag állatvilág életfeltételeit biztosítják. Különösen gazdag a kétéltű- és a hüllőfauna. Rendszeres kutatási eredmények Dombóvár térségére állnak rendelkezésre, ahol a kétéltűfauna 16 hazai képviselőjéből 11 faj előfordulása bizonyított. A nagy egyedszámban fordul elő a kecskebéka, a vöröshasú unka, a kis tavibéka és tavi béka, a barna ásóbéka, valamint a pettyes gőte és a tarajos gőte is. A hüllők közül jelentős a vízisikló, a kockás sikló, az erdei sikló, a mocsári teknős és a fürge gyík állománya, és bizonyított a lábatlan gyík vagy törékeny kuszma és a rézsikló jelenléte is. A Hegyhát hűvös szurdokerdeiben a hegyvidéki jellegű sárgahasú unka él. E fajok közül kiemelkedő fontosságú a vöröshasú unka előfordulása, mivel közösségi jelentőségű fajként e ritka, védett kétéltű is alapjául szolgált a Natura 2000-es területek kijelölésének. A natúrparki térség nagy kiterjedésű halastavai és a Kapos-völgy vizenyős rétjei a ritka, védett madárfajok – kiemelten a térségben állandó fészkelő, fokozottan védett nagy kócsag, kis kócsag, bölömbika, guvat, rétisas, békászó sas és fekete gólya – táplálkozó területeként is fontosak. Az emlősök közül a natúrparki térség vizes élőhelyein bizonyítottan él a fokozottan védett európai vidra.

A térségben élő emberek életében fontos szerepet töltenek be a tavak. A natúrparki településeken több horgászegyesület is működik (pl. Dombóvár, Hőgyész, Mágocs), s sokaknak van hétvégi háza a völgyekben megbújó tavak mellett. A nagy kiterjedésű vízfelületek a natúrparki táj karakterének fontos meghatározói, a magas fokú tájélmény fontos részelemei.